유희왕 듀얼몬스터즈 시즌 1

카이바는 유희의 할아버지 유별난이 갖고 있는 희귀한 레어 카드 '푸른 눈의 백룡'을 갖기 위해 듀얼을 신청한다. 카이바에게 카드의 마음을 알려 주고자 듀얼에 나서지만 결국 쓰러지고 만 할아버지. 그러자 유희가 할아버지를 대신헤 카이바에 맞서 싸운다.

유희 앞으로 온 비디오테이프. 그건 듀얼 몬스터즈를 탄생시킨 천재 게임 디자이너 페가수스가 보낸 것이었다. 천년 아이를 가진 페가수스는 유희에게 어둠의 게임을 제안하는데...

유희는 할아버지를 구하기 위해 페가수스가 주최하는 듀얼 결전에 나선다. 그런데 막대한 상금이 걸려 있단 말을 듣은 조이는 동생의 수술비를 마련하기 위해 유희를 따라나선다. 듀얼리스트 킹덤에 가기 위해 올라탄 배에는 쟁쟁한 듀얼리스트들이 모여 있는데...

유희는 전국대회 우승자 사마준과 듀얼을 펼친다. 하지만 듀얼리스트 킹덤의 새로운 규칙 때문에 고전하는 유희는 사마준의 곤충 공격으로 궁지에 몰리고 만다.

유희가 사마준에게 공격을 성공하며 이겼다고 생각한 순간, 사마준은 비장의 카드 진화의 고치를 꺼내 든다. 진화의 고치는 라바모스와 결합해 다섯 턴 뒤에 궁극 완전체 그레이트 모스가 된다. 결국 승부는 또 다시 미궁 속으로 빠져드는데...

동생의 눈을 고치기 위해 대회에 참가한 조이는 메이 발렌타인과 듀얼을 시작한다. 그런데 메이 발렌타인은 카드를 뒤집지 않고도 그 카드가 뭔지 알아내는 신기한 카드 트릭을 쓴다. 이에 정신을 빼앗긴 조이는 제대로 싸우지도 못하는데...

바다의 듀얼리스트 마해룡은 자신의 주무대인 바다 필드에서 유희에게 듀얼을 신청한다. 바닷속에 모습을 숨긴 채 공격해 오는 물 속성 몬스터의 공격에 속수무책으로 당하기만 하는 유희. 과연 유희에게 역전의 기회가 찾아올 것인가

차곡차곡 스타칩을 늘려가는 유희 앞에 카이바의 동생 모크바가 나타나 다른 듀얼리스트에게 훔친 카드로 듀얼에 도전한다. 그 무렵, 카이바는 유희를 쓰러뜨리기 위해 밤낮으로 연구를 거듭하고 있었다. 그런 카이바에게 페가수스가 마수를 뻗어오는데...

마침내 미궁을 빠져나와 지상으로 나온 유희와 친구들은 페가수스 성으로 향한다. 그런데 성 앞을 가로막고 서 있는 카이바. 카이바는 카드에 영혼이 봉인된 동생을 구하기 위해 유희와 싸워야만 한다. 유희와 카아비의 숙명의 대결이 시작된다!

페가수스의 음모를 알게 된 카이바는 컴퓨터를 통해 유희가 하는 듀얼에 잠입하려고 한다. 그 무렵, 유희는 블랙 매지션과 매지컬 실크햇 콤보로 간신히 푸른 눈의 백룡 1장을 무찌른다. 하지만 그 직후 두 번째 푸른 눈의 백룡이 또 다시 모습을 드러내고, 무적의 덱 앞에서 유희는 위기에 빠진다.

메이 발렌타인의 꾐에 빠진 다이나소 용만과 싸우게 된 조이. 그런데 메이는 이번 듀얼에는 구경꾼이 조언해선 안 된다고 못 박는다. 유희의 도움 없이 혼자 싸워야하는 조이는 전국 대회 준우승자인 용만에 맞서 싸우지만 완전히 수세에 몰린다.

용만이 뽑아 든 카드는 최강의 레어 카드 '붉은 눈의 흑룡'이었다. 결국 마법 카드 암룡족의 발톱 공격 앞에 우정의 힘을 과시하던 바바리안 1호, 2호가 무참히 박살 난다. 유희는 이길 수 있는 방법을 알고 있지만 조언하지 않겠다는 약속 때문에 묵묵히 지켜보기만 한다. 조이는 과연 그 방법을 알아낼 수 있을 것인가

바크라의 몸에 빙의된 어둠의 듀얼리스트가 조이, 우혁, 수진이, 그리고 유희의 영혼을 카드 속에 봉인시킨다. 어둠의 유희가 듀얼에서 이기면 모두의 영혼을 되돌릴 수 있지만, 지면 천년 퍼즐은 빼앗기고 모두 죽음을 맞게 되는데...

메이 발렌타인은 인더스트리얼 일루션사의 명령으로 듀얼리스트 사냥을 하는 플레이어 킬러에게 스타 칩 전부를 빼앗기고 만다. 메이의 비명을 듣고 달려 온 유희는 플레이어 킬러와 듀얼을 시작하는데 상대 몬스터는 어둠 속에서 완전히 모습을 감추고 유희를 공격해 온다.

플레이어 킬러 대 어둠의 유희의 대결이 벌어진다. 어둠에 싸여 불리해던 싸움을 말로 압도하며 유리하게 이끌어 가는 유희. 마침내 유희가 엎어 두었던 카드, 빛의 봉인검을 뒤집자, 어둠이 걷히고 플레이어 킬러의 몬스터들이 모습을 드러낸다.

새롭게 개발한 듀얼 디스크 시스템을 들고 듀얼리스트 킹덤을 찾아온 카이바. 그런데 카이바가 스타 칩 하나 손에 넣지도 않은 채 곧장 페가수스의 성으로 향하는 걸 본 조이는 화를 내며 카이바에게 듀얼을 신청하고 카이바는 듀얼 디스크 시스템을 시험하기 좋은 기회라며 그 도전을 받아들인다.

드디어 대회 이틀째, 조이는 잠깐 유희 일행과 떨어진 사이, 밴디트 키스 일당에게 붙잡혀 묘지 필드로 끌려간다. 그곳에서 조이는 최강의 고스트 덱을 가진 해골술사와 억지로 듀얼을 해야 하는 상황에 놓이는데...

해골술사의 카드 '리빙 데드가 부르는 소리'에 의해, 조이가 쓰러뜨렸던 모든 몬스터가 좀비로 되살아난다. 절체 절명의 위기에 빠진 조이.그 무렵 유희와 친구들은 조이를 찾아 지하 동굴을 헤매는데...

밴디트 키스 때문에 지하 동굴에 갇힌 유희와 친구들은 다른 출구를 찾다가 알 수 없는 지하 미궁에 다다른다. 그런데 그곳을 지키는 미궁 형제가 나타나 자신들을 이기지 못하면 지하 미궁을 빠져나갈 수 없다고 말한다. 유희와 조이는 미궁 형제를 이기기 위해 2대 2 태그 듀얼에 나선다.

카이바는 모크바를 구하기 위해 페가수스의 성을 향한다. 한편 그 무렵 미궁에서는 유희와 조이가 서로의 몬스터를 모아 진형을 견고히 하며 미궁을 돌파하려 한다. 그런데 미궁 형제의 미궁 변화 카드에 의해 미궁의 형태가 바뀌고, 조이의 몬스터와 유희의 몬스터는 벽에 가로막혀 갈라지고 만다.

유희와 조이는 미궁 형제의 합체 마신 게이트 가디언에 의해 궁지에 몰리지만 조이가 가진 붉은 눈의 흑룡과 유희의 데몬을 융합시킨 블랙 데몬즈 드래곤으로 맞선다. 유희와 친구들은 과연 미궁을 빠져나갈 수 있을 것인가

마침내 미궁을 빠져나와 지상으로 나온 유희와 친구들은 페가수스 성으로 향한다. 그런데 성 앞을 가로막고 서 있는 카이바. 카이바는 카드에 영혼이 봉인된 동생을 구하기 위해 유희와 싸워야만 한다. 유희와 카이바의 숙명의 대결이 시작된다!

매직 박스 카드를 뽑아 카이바의 라 진과 매직 램프의 콤보를 깨는 유희. 그런데 카이바가 어둠의 어릿광대 사기 카드에 감염시킨 죽음의 바이러스로 인해 전세는 역전되고, 유희는 덱에서 공격력 1500 이상의 몬스터를 쓸 수 없게 된다.

절체절명의 위기에 몰린 유희가 끝까지 포기하지 않고 뽑은 카드는 듀얼 몬스터 중에서도 가장 공격력이 낮은 크리보였다. 그런데 유희는 크리보를 궁극의 푸른 눈의 백룡을 쓰러뜨리기 위한 카드라며 공격 표시로 만든다. 유희의 전략은 과연 무엇인가?

듀얼에 목숨을 건 카이바를 이기지 못한 유희. 계속 싸우고자 했던 또 다른 나를 배신했다는 마음에 유희는 절망과 좌절에 빠진다. 그때 발렌타인 메이가 나타나 자신이 빚진 스타 칩을 유희에게 주려고 하지만 유희는 아무런 반응도 없다. 그러자 수진이가 메이에게 듀얼을 제안하는데…

마침내 페가수스의 성에 도착한 유희와 친구들. 성 안에 들어가자 페가수스와 카이바가 듀얼을 시작하려 한다. 카드에 봉인된 모크바의 영혼을 구하기 위해 혼신의 힘을 다하는 카이바. 하지만 카이바는 과연 페가수스의 천년 아이를 이길 수 있을 것인가

카이바와의 듀얼에서 페가수스는 유희도 처음 보는 카드, 툰 월드을 내놓는다. 입체 그림책처럼 등장하는 툰 월드의 성. 그 책 속에 들어간 카드는 그 어떤 공격도 받지 않는다. 그리고 그 다음에 페가수스가 내놓은 건 바로 카이바에게서 빼앗아 간 푸른 눈의 백룡이었다!

결전 전날 밤, 유희는 할아버지와 카이바 형제를 구하기 위해 반드시 페가수스를 쓰러뜨리겠다고 굳게 다짐한다. 한편 우혁과 수진, 바크라는 페가수스가 카이바와의 듀얼에서 속임수를 쓴 거라고 여기고, 그 비밀을 캐내기 위해 성 탐색에 나서는데…

드디어 결전의 아침이 밝았다. 1차전은 유희와 메이 발렌타인의 대결. 메이를 이겨야만 페가수스와 싸울 수 없다. 그런데 유희는 메이는 자신의 상대가 되지 않을 거라는 자만심에 빠져 승부를 서두르는데..

보이지만 보이지 않는 것. 메이는 조이와의 듀얼에서 그걸 깨달았다고 말한다. 그리고 듀얼리스트로서 진정한 용기는 패배로 인해 상처받을 각오 없이는 가질 수 없다고 한다. 과연 유희는 보이지만 보이지 않는 게 무엇인지 깨달을 수 있을 것인가..

토너먼트 2차전은 밴디드 키스와 조이의 대결. 그런데 조이가 토너먼트 참가 조건 카드를 아무리 찾아도 나오지 않는다. 눈물 흘리며 조이가 포기하려고 하는 순간, 발렌타인 메이가 나타나 손수건을 내민다..

치열한 접전을 벌이는 조이와 키스. 두 사람의 대결을 지켜보던 페가수스는 조이에게서는 희망과 믿음을, 키스에게서는 절망과 복수를 본다. 승리의 여신은 과연 누구를 향해 미소 지을 것인가..

드디어 토너먼트 결승전. 조이와 대결하는 걸 껄끄러워하는 유희. 그런 유희를 보며 조이는 서로가 짊어진 걸 위해 끝까지 싸우자고 말한다. 굳은 우정으로 맺어져 결승전까지 함께 온 두 사람이 진심을 담아 듀얼을 시작한다.

유희와 조이의 결승전은 막상막하로 진행된다. 기술의 유희와 파워의 조이가 팽팽하게 맞서는 가운데 두 사람의 대결은 좀처럼 끝이 보이지 않는다. 그러자 유희는 비장의 카드인 블랙 마지션을 실크햇에 숨기는데...

마침내 페가수스와의 대결에 앞서 유희는 페가수스에게 자신이 이기면 할아버지와 카이바 형제의 영혼을 풀어 주겠다는 약속을 받아낸다. 한편, 페가수스를 믿지 못하는 우혁은 카이바와 모크바만이라도 구하러 나서는데...

유희가 어떤 전략을 쓰든 페가수스는 그걸 다 꿰뚫어 보고 유희의 몬스터들을 쓰러뜨린다. 천년 아이의 힘 앞에서그저 무력한 유희. 그 무렵, 감옥에서 구한 모크바를 등에 업고 도망치던 우혁은 페가수스의 부하들에게 쫓겨 궁지에 몰린다. 그런데 그 순간 바크라가 나타나서 '마법의 족쇄' 카드를 꺼내드는데...

궁지에 몰린 유희의 다음 전략은 블랙 매지션과 매지컬 실크햇 콤보. 유희는 여기에 페가수스의 공격을 교란시킬 수 있을지 모른다는 희망을 건다. 하지만 페가수스는 유희의 마음을 읽고 블랙 매지션이 숨겨진 위치를 알아낸다. 유희는 절체절명의 위기에 빠지는데..

페가수스가 제안한 어둠의 게임에서 유희는 또 다른 자신과 함께 싸우기로 결심한다. 그런데 어둠의 게임에서는 플레이어의 정신력이 몬스터를 실체화한다. 즉, 정신력이 다하면 플레이어는 목숨을 잃을 수도 있다. 보통 사람은 도저히 견딜 수 없는 싸움에 도전하는 유희. 유희의 운명은 어떻게 될 것인가..

유희가 쓰러지면 어둠의 유희 혼자 싸울 수밖에 없다. 하지만 혼자서는 마음속을 꿰뚫어보는 페가수스를 이길 수 없다. 그 순간 할아버지의 목소리가 들린다. 마음속에는 또 하나의 자신뿐만이 아니라, 보이지 않는 끈으로 이어진 사람들이 있다는 것. 유희와 수진, 우혁, 조이, 네 친구의 우정은 어둠의 힘에 맞서 싸울 수 있을

듀얼에서 패하고 자신의 방으로 돌아가던 페가수스 앞에 바크라가 나타난다. 바크라의 목적은 7개의 천년 아이템을 손에 넣는 것. 천년 아이템이 모두 모이면 세계를 지배할 힘을 얻을 수 있다. 한편, 페가수스를 찾던 유희와 친구들은 페가수스의 방에서 일기를 발견하는데..

듀얼리스트 킹덤에서의 대결은 모두 끝났다. 조이는 상금을 받고, 봉인이 풀린 모크바는 형 카이바와 무사히 재회한다. 그리고 유희는 의식을 되찾은 할아버지 유별난을 만난다. 그런데 미국 챔피언인 12살 소녀 레베카가 유별난을 찾아오는데…

유별난은 레베카에게 그녀의 할아버지 아서 홉킨스와의 만남을 이야기한다. 희귀 카드를 찾아 이집트로 간 유별난은 그곳에서 유적을 발굴하는 미국 고고학자 아서를 만난다. 아서는 유적에 기록된 문자를 재해석에서 고대 이집트인이 의식으로서 듀얼 몬스터즈를 행했다는 학설을 제시하지만 학계에서는 이단으로 취급받는다.

카이바가 페가수스와 손잡았던 카이바 코퍼레이션의 빅5를 해고하려 하자, 빅5는 자신들이 개발한 어드벤처 게임을 클리어하지 못할 경우, 자신들의 해고를 번복해달라고 제안한다. 제안을 받아들인 카이바는 게임을 시작하지만, 의식이 데이터화 되면서 게임 속에 갇히고 마는데...

카이바를 구하기 위해 게임 세계로 들어간 유희와 조이, 모크바는 그곳에서 메이 발렌타인을 만난다. 네 사람은 OS 신전으로 끌려갔다는 카이바를 찾으러 사막을 건너는데 그곳에는 또 다른 미궁 던전이 그들을 기다리고 있다.

비행정을 타고 암흑 부유성으로 향하는 유희, 조이, 메이 그리고 엘. 암흑 부유성에 도착한 세 사람은 몬스터 무리가 공격해 오자, 해피 레이디, 마법 기사 길티어, 블랙 매지션으로 맞서 싸운다. 하지만 끝이 보이지 않는 싸움에 유희는 빛의 봉인검을 써서 비행선을 지키는 작전에 들어간다.

자신의 가게 앞에 새로운 게임 가게가 문을 열자, 유희 할아버지는 인생 최대의 위기라며 우울해한다. 하지만 그 가게에서 팔리는 최신 게임에 관심이 생긴 유희는 정찰을 핑계로 수진이와 함께 그 가게로 가는데…

조이를 구하기 위해 듀크와 대결하는 유희. 듀크가 만든 던전 다이스 몬스터즈는 주사위에 새겨진 문장인 크레스트가 모이면 몬스터를 소환할 수 있다. 그런데 유희는 레벨은 높지만 몬스터 소환이 어려운 주사위를 선택한 바람에 점점 열세에 몰린다.

듀크는 유희가 속임수를 써서 페가수스를 이겼다고 생각한다. 듀크의 오해를 풀고 듀얼리스트로서의 명예를 지키려면 유희는 던전 다이스 몬스터즈에서 반드시 이겨야 한다. 처음과 달리 급속도로 게임을 이해해 가는 유희. 그런데 이 게임에는 또 한 가지 함정이 있다.

더는 다이스 디멘션할 공간이 없어서 몬스터를 소환할 수 없는 유희. 듀크의 갓 오거스가 공격을 퍼부어도 수비밖에 할 수 없기 때문에 유희는 계속 몬스터를 잃고 만다. 포기하려던 순간, 수많은 듀얼리스트를 위해 싸워 달라는 조이의 한마디가 유희의 가슴에 불을 지핀다.

학교 가는 길에 만난 점쟁이가 천년 퍼즐을 보여 달라고 하자, 유희는 스스럼없이 천년 퍼즐을 건넨다. 그런데 그 순간 점쟁이가 천년 퍼즐을 낚아채더니 멀리 도망쳐 버린다. 점쟁이를 쫓다가 폐가로 들어간 유희는 그곳에서 듀얼을 제안받는데…

누군가에게 조종당하는 키스와 듀얼하는 유희. 상대의 목적은 목적은 퍼즐 속에 있는 어둠의 유희를 끌어내는 것이다. 이 때문에 유희는 어둠의 유희의 도움 없이 혼자 힘으로 싸우겠다고 결심한다. 그러던 중 바크라의 힘으로 최면에서 깨어난 키스가 천년 퍼즐을 부수고 마는데…

고대 이집트전이 열리게 되면서 이집트 고고국 국장 이시즈 이슈타르가 도미노 시티를 찾는다. 그런데 그녀는 전시회 개장 전에 카이바를 전시장으로 불러 3천 년 전 벽화를 보여준다. 그 벽화에는 듀얼과 똑같이 생긴 석판, 그리고 유희를 닮은 왕의 모습이 새겨져 있는데...

유희는 요즘 들어 기운 없는 어둠의 유희를 수진이와 데이트 자리를 마련한다. 수진이는 어둠의 유희가 안고 있는 고민을 듣고 힘을 북돋아 주기 위해 거리를 돌아다닌다. 그리고 게임 센터에 간 두 사람. 그때 조니 스텝에게 댄스 배틀 도전을 받은 수진이는 그 자리에서 멋지게 승리한다. 그런데 조니는 두 사람을 뒤따라와 듀얼

자신이 누구인지 알아내기로 결심한 어둠의 유희는 수진이와 함께 고대 이집트전을 찾는다. 그리고 지하 전시장에 있는 석판을 보고 자신이 천년 퍼즐에 봉인된 고대 이집트 왕의 영혼이라고 확신한다. 그곳에 나타난 이시즈는 어둠의 유희가 기억을 되찾으려면 7개의 천년 아이템을 모두 모아야 한다고 하는데…

카이바가 일주일 뒤 듀얼 몬스터즈 대회가 열린다고 선언하자, 도미노 시티에는 강호 듀얼리스트들이 몰려든다. 유희는 카이바가 설정해 둔 레벨 덕분에 신형 듀얼 디스크를 쉽게 구하지만 레벨2밖에 안 되는 조이는 참가도 못해 보고 실격할 위기에 놓인다. 그런데 구울즈와 내통하는 카드 가게 주인이 조이가 가진 붉은 눈의 흑룡을

배틀 시티 개막날 아침. 도미노 시티에는 메이 발렌타인뿐 아니라, 사마준, 다이나소 용만, 마해룡 등 낯익은 얼굴들이 보인다. 마침내 카이바가 개회를 선언하고. 듀얼리스트들은 각자 지정된 위치로 향한다. 그리고 유희는 조이에게서 붉은 눈의 흑룡을 빼앗은 레어 헌터와 첫 듀얼을 시작하는데…

레어 헌터와 싸우는 유희는 상대가 엑조디아 소환을 노리고 구성 카드를 모은다는 걸 눈치챈다. 하지만 카드를 1장만 더 모으면 레어 헌터의 승리. 위기에 빠진 유희는 자신이 최선을 다해 짠 덱을 믿고 카드를 뽑는데, 그 카드는 바로 빛의 봉쇄검이었다.

조이는 초능력을 쓴다는 로바에게 듀얼을 신청한다. 진정한 듀얼리스트가 되겠다는 유희와의 약속을 지키기 위해 자신보다 강한 상대를 선택한 것. 그런데 로바는 정말 초능력을 쓰는 것처럼 조이가 든 패를 정확히 맞히는데…

속임수를 쓰지 않고 실력으로 조이를 궁지에 몰아넣는 로바. 조이는 로바의 사이코 쇼커 앞에서 작전이 계속 실패로 돌아가자, 마침내 포기하기로 마음먹는다. 그런데 그 순간, 동생 조앤이 응원하고 있다는 수진이의 말이 들려온다.

카이바가 오벨리스크의 거신병을 갖고 있다는 사실을 알아낸 구울즈의 총수 마리크는 카이바가 나머지 신의 카드 2장을 손에 넣기 위해 대회를 열었다는 걸 눈치챈다. 이에 마리크는 유희에게 두 번째 레어 헌터, 블랙 매지션을 다루는 판도라를 보낸다.

유희는 마리크가 이끄는 구울즈의 자객 판도라와 듀얼로 맞붙는다. 두 사람의 대결은 곧 블랙 매지션과 블랙 매지션의 대결. 함정 카드와 마법 카드를 어떻게 쓰느냐가 이 듀얼의 관건이며, 카드에 대한 믿음이 얼마나 강한가가 이 승부를 가른다.

유희와 판도라는 모두 블랙 매지션을 잃는다. 하지만 판도라의 덱에는 아직 두 장의 블랙 매지션이 남아 있다. 유일한 블랙 매지션을 잃은 유희는 압도적으로 불리한 상황. 판도라가 함정 카드로 유희의 몬스터를 모두 제거하고 흑마술 커튼으로 블랙 매지션을 소환하면서 유희는 절체절명의 위기에 빠지는데…

조이는 한 소년에게 듀얼 디스크를 빼앗겼다가 가까스로 되찾는다. 그런데 그 소년이 사마준에게 레어 카드를 빼앗겼다는 말을 들고 분노한 조이는 사마준을 찾아가 듀얼을 신청한다. 그런데 그 모든 건 사마준이 짜놓은 계락이었다. 조이는 그런 줄도 모른 채 사마준의 제안대로 레어 카드와 퍼즐 카드를 2장씩 걸고 듀얼을 시작하는데

사마준의 기생충 파라사이드가 조이의 모든 카드에 기생하면서 조이는 더 이상 아무런 공격도 할 수 없게 된다. 게다가 강력한 그레이트 모스가 소환되면서 벼랑 끝에 몰린 조이. 마법 카드 악마 주사위와 천사 주사위로 가까스로 위기에서 벗어나는 듯 싶었지만, 사마준이 곤충 여왕을 소환하면서 조이는 또 다시 궁지에 몰린다.

유희를 쓰러뜨리기로 결심한 마리크는 천년 지팡이의 힘으로 팬터마이머를 조종해 유희에게 듀얼을 도전한다. 유희 역시 상대의 정체가 마리크라는 걸 곧바로 알아챈다. 마리키는 신의 카드를 가진 강적이지만 어둠의 유희는 자신의 기억을 되찾기 위해서라도 이 대결에서 이기겠다고 다짐한다.

마리크가 조종하는 팬터마이머와 싸우는 유희. 마리크는 묘지기 일족이 짊어진 굴욕과 절망을 토로하며 파라오였던 어둠의 유희에게 복수를 선언한다. 그리고 악몽의 쇠창살에 유희를 가둔 뒤 신의 카드 오시리스의 천공룡을 소환한다. 유희는 오시리스의 천공룡이 뿜어대는 엄청난 오라에 압도당하는데...

궁극의 콤보 갓 파이브를 완성시키며 신의 카드를 더욱 무적으로 만든 마리크. 하지만 유희는 신의 카드를 이길 방법을 찾지 못해 절망한다. 그런데 그 순간 카이바가 나타나 신이 가로막는다면 신마저 쓰러뜨리라고 소리친다. 그 말을 듣고 다시 일어난 유희는 마리크를 무너뜨릴 방법을 생각해 내는데…

마리크의 부하들이 조이를 감시한다는 사실을 알고 조이를 찾아나서는 유희, 그때 2명의 레어 헌터가 유희를 가로막지만, 때마침 나타난 카이바가 그들에게 태그 매치를 제안한다. 그 무렵 조이는 결승 진출을 위해 다음 상대를 찾아다니다가 범고래 쇼를 하는 마해룡을 발견한다.

수족관에서 마해룡과 싸우는 조이. 바다의 보호를 받는 마해룡의 카드, 전설의 어부는 조이의 와이반을 한 방에 쓰러뜨린다. 그런데 전설의 어부는 바다에서 사라진 마해룡의 아버지가 아들에게 보낸 아버지의 분신 같은 카드였다.

마침내 결승에 진출하게 된 조이. 조이가 친구들과 기쁨을 나누고 있을 때 나무라는 소년이 다친 바크라를 데리고 그들에게 다가온다. 하지만 그것은 조이와 수진이를 납치하기 위한 마리크와 바크라의 작전이었다. 그 무렵 유희는 조이를 찾기 위해 카이바와 함께 수족관으로 향하지만 결국 헛걸음만 한다.

구울즈의 자객 빛의 가면, 어둠의 가면과 태그 매치를 하게 된 유희와 카이바. 하지만 카이바는 혼자 힘으로 충분히 이길 수 있다며 유희와 협력할 생각을 하지 않는다. 그런데 상대는 제물 봉인 가면 카드로 유희와 카이바의 상급 몬스터 소환을 봉인해 버리면서 두 사람을 궁지로 몰아붙인다. 그 무렵 구울즈에게 붙잡혀 창고에 갇

구울즈의 자객인 빛의 가면, 어둠의 가면과 태그 매치로 싸우는 유희와 카이바. 유희의 리버스 카드 '카드 파괴'와 카이바의 '죽은 자의 생환' 콤보로 두 사람은 '푸른 눈의 백룡'을 소환하는 데 성공한다. 그 무렵 창고에 갇힌 수진이와 모크바는 탈출 방법을 찾아내는데…

유희와 힘을 합쳐 싸우기로 결심한 카이바는 푸른 눈의 백룡을 미끼로 던지고, 이에 유희는 마그넷 발키리온 합체에 성공한다. 하지만 빛의 가면과 어둠의 가면은 전혀 두려워하지 않는다. 적의 계책을 알아차린 유희는 카이바에게 복수심에 사로잡히지 말고 냉정하게 판단하라고 말한다.

가면의 레어 헌터를 쓰러뜨린 유희와 카이바는 모크바와 함께 헬기를 타고 조이와 수진이가 붙잡혀 있는 도미노 부두로 향한다. 헬기 안에서 카이바가 유희에게 마리크의 정체를 묻자, 유희는 자신이 또 하나의 유희라는 사실을 밝히며 이야기를 시작한다.

도미노 부두에는 마리크에세 세뇌당한 조이가 유희를 기다리고 있었다. 듀얼을 시작하기 전, 유희와 조이의 발에는 족쇄가 채워지는데, 그 족쇄는 폭탄이 설치된 닻에 연결돼 있다. 승부가 결정되는 순간 패자는 바다에 빠지고 승자만이 족쇄의 열쇠를 풀 수 있는 죽음의 듀얼이 시작된다.

유희는 마리크에게 세뇌당한 조이와 생사를 건 듀얼을 계속해 나간다. 어떻게 하면 조이가 품었던 듀얼리스트의 마음을 일깨울 수 있을지 고민하는 어둠의 유희.그런데 그때 유희가 어둠의 유희에게 자신이 나가서 조이와 듀얼하겠다고 말한다.

조이와 함께 싸워 온 붉은 눈의 흑룡을 소환해서 조이의 세뇌를 풀려는 유희. 유희의 의도대로 붉은 눈의 흑룡을 공격한 조이는 알 수 없는 고통을 느낀다. 그리고 자신만 살아남을 수 없다고 생각한 유희는 조이에게 자기 대신 가져 달라면서 천년 퍼즐을 건넨다.

마리크에게 세뇌당한 조이와 유희의 데스매치는 막바지에 이른다. 마리크는 조이에게 라이프 포인트가 얼마 남지 않은 유희를 해치우라고 지시하지만, 유희의 노력으로 점차 세뇌가 풀려가는 조이는 더 이상 마리크가 시키는 대로 움직이지 않는다.

유희는 마침내 배틀시티 결승 토너먼트 진출을 확정지었고. 듀얼에서 유희를 이기지 못한 마리크도 결승 토너먼트로 향한다. 한편, 마리크에게 천년 지팡이를 갖고 싶다면 스스로의 힘으로 결승전에 올라오라는 말을 들은 바크라는 배틀 시티에 참가하기 위해 부상 입은 몸으로 병원을 빠져나간다.

배틀시티 결승 토너먼트 무대로 향하는 유희, 조이, 메이 앞에 리무진이 멈춰 서더니, 차 안에서 할리우드 스타 존 클로드 매그넘이 내린다. 그는 메이에게 듀얼에서 이기면 자신과 결혼해 달라고 듀얼을 신청한다. 결국 메이는 그 듀얼을 받아들이는데…

배틀시티 결승 토너먼트가 열리는 도미노 스타디움에 예선 통과자들이 속속들이 모여들기 시작한다. 결승 토너먼트에 출전할 수 있는 사람은 8명. 카이바를 시작으로, 유희, 조이, 메이 발렌타인, 나무로 변장한 마리크, 마리크와 거래를 한 바크라, 그리고 마리크라고 자칭하는 리시드 7명이 잇달아 나타난다.

배틀시티 결승 무대, 도미노 시티 상공을 나는 배틀십에서 드디어 결승 토너먼트가 시작되고 추첨으로 대진이 결정된다. 1회전은 바크라 대 유희. 유희는 듀얼을 시작하기 앞서 상대가 어둠의 바크라라는 걸 지적하고, 바크라 역시 자신이 천년 링에 깃든 어둠의 인격이라는 걸 인정한다.

필드 마법 암흑성역의 효과로 유희의 몬스터는 원령에 빙의되면서 유희는 라이프 포인트가 깎여 나간다. 게다가 바크라는 위저 보드를 소환하는데, 위저 보드에 D, E, A, T, H 다섯 글자가 모이는 순간, 유희는 죽게 된다.

원령이 떠도는 암흑 성역에서는 유희가 이길 수 있는 방법이 없다. 이제 유희에게 남은 유일한 희망은 신의 카드 오시리스의 천공룡을 뽑는 것. 결국 기적적으로 오시리스의 천공룡을 뽑은 유희. 하지만 마리크가 바크라의 목숨을 방패 삼아 유희를 협박한다.

배틀 시티 결승 토너먼트 1회전에서 유희에 패하며 중상을 입은 바크라는 비행선에 타고 있는 의료진에게 치료를 받는다. 한편, 사라진 천년 링을 찾으러 나선 우혁이와 듀크는 조앤 문제로 다투다가 발을 헛디디며 비행선 난간에 매달리게 되는데…

배틀 시티 결승 토너먼트 2회전에서는 조이와 마리크의 대역으로 나선 리시드가 맞붙게 된다. 리시드를 마리크라고 믿는 조이는 자신을 세뇌했던 마리크를 박살 내겠다고 한껏 벼르고 있다. 듀얼이 시작되자, 리시드는 몬스터를 내보내지 않고 필드에 함정 카드로 덫을 놓는 전술로 일관한다.

조이와 마리크를 연기하는 리시드의 싸움은 계속된다. 몬스터가 적은 리시드 의 덱에는 함정 몬스터 아포피스의 화신이 숨겨져 있었다. 이로 인해 조이의 라이프 포인트는 순식간에 200으로 떨어진다. 벼랑 끝에 몰린 조이는 항복하려 하지만 메이와 조앤의 말에 또다시 싸울 용기를 되찾다.

조이는 단숨에 리시드를 궁지로 몰아넣지만 리시드가 신성한 몬스터 셀케트를 소환하면서 다시 전세가 뒤집힌다. 셀케트가 조이의 몬스터를 잡아먹고 공격력을 흡수하면서 점점 강력해지자, 조이는 패배를 각오하면서도 라이프 포인트가 0가 될 때까지 포기하지 않고 싸우겠다고 말한다.

리시드 덱에 있던 라의 익신룡은 복제 카드였다. 리시드와 조이는 분노한 신이 내린 벼락을 맞고 쓰러지지만 조이가 먼저 일어나서면서 승리를 얻게 된다. 그런데 그때 마리크 안에 봉인돼 있던 또 다른 어둠의 인격이 눈을 뜬다.

3회전에선 마리크 내면의 어둠의 인격과 메이 발렌타인이 맞붙는다. 마리크는 어둠의 게임을 통해 메이가 가장 두려워하는 것을 보여주며 메이를 압박하는데. 그건 바로 고독이었다.

메이와 마리크의 어둠의 게임은 계속된다. 메이가 마리크에 의해 가장 두려워하는 고독의 세계로 내몰리자, 유희는 그런 마이를 구하기 위해 천년 퍼즐의 힘을 이용해 메이의 의식 속으로 들어간다. 친구들의 기억을 하나 둘씩 잃어가던 메이는 유희와 조이의 응원 소리를 들으며 마음을 다잡는다.

메이는 마리크에게서 신의 카드 라의 익신룡을 빼앗고 소환하는 데 성공하지만, 라의 천공룡 카드에는 해독할 수 없는 고대 신관 문자가 적혀 있어서 다룰 수가 없다. 그때 마리크가 주문을 외우자 구형이던 라의 익신룡이 새의 형태로 변하더니 메이를 공격한다.

배틀시티 결승 토너먼트 4회전이 시작된다. 카이바의 상대이자, 처음으로 모습을 드러낸 8번째 듀얼리스트는 바로 마리크의 누나 이시즈였다. 천년 목걸이를 통해 미래를 내다보는 능력을 가진 이시즈는 이 듀얼에서 자신의 승리를 장담한다.

카이바와 이시즈의 듀얼이 계속된다. 이시즈의 카드가 카이바의 공격을 받아 모두 묘지로 가면서 불리한 상황으로 몰리지만 이시즈는 전혀 당황하는 기색을 보이지 않는다. 그리고 카이바가 이시즈의 덱을 완전히 파괴했다고 생각한 순간, 이시즈는 함정 카드 '현세와 명계의 역전'을 발동해 반격에 나선다.

스캔한 라의 익신룡 카드를 본 카이바는 자신이 거기 적힌 고대 신관 문자를 해독할 수 있다는 사실을 알고 놀란다. 한편 이시즈는 유희, 조이와 함께 메이의 방을 찾는다. 그곳에서 왜 마리크가 유희의 목숨을 노리느냐는 질문을 받은 이시즈는 고대 이집트 시대부터 묘지기 일족으로 살아온 이슈타르 가의 비극을 이야기한다.

어둠의 마리크와 어둠의 바크라가 어둠의 듀얼을 시작한다. 어둠의 듀얼은 잃어버린 라이프 포인트만큼 몸의 일부가 어둠 속으로 사라지는 게임. 바크라를 세뇌할 때 심어 두었던 마리크의 주 인격 일부는 어둠의 마리크가 아버지를 죽였다는 사실을 알고 복수를 다짐하며 바크라를 돕는다.

어둠의 마리크와 어둠의 바크라의 결투는 계속된다. 바크라는 마리크에게서 라의 익신룡을 빼앗아 소환하지만, 제물의 공격력이 0으로 떨어지는 바람에 공격할 수 없는 상황이 된다. 뿐만 아니라 다시 마리크에게 카드를 빼앗기고, 라의 익신룡이 가진 두 번째 특수 능력이 발휘되면서 순식간에 패배하며 어둠 속으로 사라진다.

결승 무대인 알카트라즈섬 가까이 다가가는 유희와 친구들. 그런데 순항하던 배틀십이 갑자기 제어 불능이 되면서, 누군가가 조종하는 대로 어떤 기지로 끌려간다. 그곳에서 그들을 기다리던 의문의 소년 노아와 육체를 잃은 빅 파이브는 덱 마스터 시스템으로 듀얼을 하자고 요구한다.

베일에 싸인 가상세계에 뿔뿔이 흩어진 유희와 친구들. 유희는 자신 앞에 나타난 빅1과 듀얼하게 되는데, 이 경기에서 지면 그에게 육체를 빼앗기게 된다. 심해의 전사로 모습을 바꾼 빅1에 맞서 유희는 크리보를 덱 마스터로 세우고 듀얼을 시작한다.

유희는 빅1와의 결투에서, 공격을 튕겨 내고 그만큼 자신의 라이프를 깎게 만드는 리플렉터 홀과, 대미지를 입을 때마다 몬스터를 특수 소환하는 재생 콤보에 시달린다. 한시 빨리 듀얼을 끝내고 친구들을 구하러 가고 싶은 마음이 간절하지만 돌파구가 보이지 않는다.

유희와 빅1의 듀얼이 계속된다. 벼랑 끝에 몰린 유희가 흐름을 바꾸기 위해서는 크리보의 덱 마스터 능력에 모험을 거는 수밖에 없다! 크리보는 무지갯빛 축복과 콤보로 일곱 빛깔 레인보우 아치를 만들며 빅1을 직접 공격하는 데 성공한다.

수진이 앞에 펭귄을 유달리 사랑하는 빅2가 나타난다. 수진이는 블랙 매지션 걸을, 빅2는 펭귄 나이트메어를 덱 마스터로 선택한 뒤, 두 사람은 얼음 위애서 듀얼을 시작한다. 라이프 포인트가 줄어들 때마다 발밑이 얼어붙는 이 듀얼에서 초보자인 수진이는 과연 살아 남을 수 있을 것인가.

빅2가 덱 마스터 능력으로 몬스터의 공격력을 높여 가며 수진이를 몰아붙이자, 수진이는 몸의 절반이 얼음 속에 잠긴다. 궁지에 몰리던 수진이는 유희와 했던 대화를 떠올리고는, 마하 바일로의 특수 능력으로 반격을 시작한다.

조이 앞에 나타난 사람은 심판자의 모습을 한 카이바 코퍼레이션의 전직 법률 고문 빅3였다. 조이는 화염의 검사를 마스터로 세우고 공격을 퍼부으며 상대를 궁지로 몰아붙인다. 그런데 빅3는 '마계의 사법 거래'를 통해 자신의 라이프 포인트를 회복시키며 반격을 꾀한다.

조이와 오니온의 대결이 계속되는 가운데, 마계의 사법 거래로 전세가 뒤집히면서 위기를 빠진 조이는 자신의 운을 믿고 겜블 카드를 쓴다. 하지만 조이의 뜻과는 달리 불운이 계속되면서 상황은 점점 더 나빠져만 간다.

우혁이와 듀크, 조앤은 앞에 나타난 빅 4는 전에 카이바 코퍼레이션에서 군수 공장을 세웠던 타라스크였다. 타라스크는 세 사람에게 3 대 1의 듀얼을 제안한다. 가상 공간이라고는 하지만 현실과 같은 대미지가 느껴지는 듀얼에서 우혁이와 듀크는 조앤을 지키기 위해 최선을 다하는데...

우혁이가 사라지고 동요하는 듀크와 조앤. 듀크는 특기인 던전 다이스 몬스터즈를 이용해 전세 역전을 꾀하지만 결국 또다시 위기에 몰린다. 두 사람이 있는 곳까지 오게 된 유희는 세 사람의 힘을 모으라고 충고하는데...

우혁이가 모크바를 납치해 달아난다. 하지만 사실 그건 우혁이가 아니라 우혁이의 몸을 빼앗은 빅 파이브 중 한 명, 타라스크였다. 그 뒤를 쫓는 카이바 앞을 또 다른 빅 파이브, 칼레신이 가로막는다. 카이바는 어쩔 수 없이 듀얼을 시작하는데...

빅 파이브의 라이프 회복 콤보에 고전하는 카이바. 게다가 3만6천km 상공에서 발사된 새털라이트 캐논이 듀얼 무대로 날아와 폭발한다. 매 턴마다 공격력 에너지를 축적해 가는 강력한 무기 새털라이트 캐논의 위력에 카이바는 당황한다.

노아는 카이바에게 자신이 카이바 1세의 유일한 아들이며, 카이바는 그저 자신의 들러리로 삼기 위해 입양됐을 뿐이라고 말한다. 카이바는 노아의 과거 사진을 보며 이상한 점을 발견한다. 한편, 가상 공간 밖에서 마리크가 움직이기 시작한다.

빅 파이브 5명 모두가 우혁이의 육체에 들어가 유희에게 다시 듀얼을 도전한다. 이 듀얼에서 빅 파이브가 이기면 유희와 친구들의 육체를 가져가고, 유희가 이기면 우혁이의 육체를 돌려받는 조건으로 유희와 조이는 빅 파이브와 듀얼을 시작한다.

빅 파이브가 유희보다 약한 조이를 집중적으로 공격하는 바람에 조이의 라이프 포인트는 300까지 떨어진다. 그런데 유희가 누가 봐도 함정이 뻔한 리버스 카드를 내며 초보적인 전략을 쓰자 조이는 당황한다.

빅 파이브는 땅, 물, 화염, 바람, 어둠, 다섯 가지 속성의 몬스터를 제물로 바치고 사룡 부활 의식을 시작한다. 마침내 소환된 파이브 갓 드래곤은 공격력이 무려 5000! 위기에 처한 유희와 조이 역시 블랙 매지션과 화염의 검사를 소환해 융합을 꾀하는데...

모쿠바를 찾아다니던 카이바 앞에 나타난 노아는 누가 카이바 코퍼레이션의 진정한 후계자인지 결판을 내자며 듀얼을 제안한다. 카이바는 카이저 씨호스를 덱 마스터로 내세우지만 노아의 덱 마스터는 베일에 싸여 있다.

기적의 방주를 덱 마스터로 내세운 노아는 자신만만하게 승리를 장담하지만, 카이바는 노아보다 한 수 위였다. 마침내 노아에게 결정타를 날릴 기회를 잡은 카이바. 그런데 그 순간 모크바가 나타나 노아를 보호하며 카이바의 앞을 가로막는다.

자신을 막아 선 모쿠바를 차마 공격할 수 없는 카이바는 결국 이길 수 있는 절호의 기회를 놓치고 만다. 그러자 노아의 가차없는 반격이 시작된다. 카이바는 어떻게든 모크바의 기억을 되찾아 주기 위해 두 사람의 추억이 담긴 카드가 나오기만을 기다린다.

유희는 모쿠바를 방패 삼아 카이바를 이기려고 하는 비열한 노아를 용서할 수가 없다. 남겨진 카이바의 라이프 포인트 400점을 이어받아 압도적으로 불리한 상황에서 노아에게 듀얼을 신청하는 유희. 스피릿 몬스터의 공격을 받은 유희의 라이프 포인트는 100까지 떨어지는데...

덱 마스터 능력을 통해 라이프 포인트를 10000점까지 끌어올리고 유희의 친구들을 차례차례 석상으로 만들어 버리는 노아. 하지만 유희는 필드에 몬스터도 없고 패도 없는 절망적인 상황. 그런데 마음속에서 친구들의 목소리를 들은 유희는 다시 한번 희망을 걸고 듀얼에 임한다.

유희가 노아를 이기고 친구들도 원래의 모습을 되찾는다. 그런데 그 순간 갑자기 카아바 1세가 나타나 모두를 가상 세계에 가두겠다 말한다. 탈출 방법을 아는 건 오직 노아뿐. 유희와 친구들은 노아가 시키는 대로 가상 도미노 시티로 향하는데...

노아는 모크바의 육체를 빼앗고 현실 세계로 탈출한 뒤, 이동 요새를 향해 미사일 스위치를 누른다. 모크바의 따뜻한 말을 떠올린 노아가 되돌아가 미사일을 멈추려 하지만 마리크가 발사 장치를 파괴한 바람에 이젠 돌이킬 수가 없다. 한편, 카이바는 카아바 1세와 듀얼로 마지막 결판을 내려 한다.

미사일이 시시각각 이동 요새를 향해 다가오는 아슬아슬한 상황에서 노아는 수진이와 조앤부터 차례차례 현실세계로 탈출시킨다. 그리고 카이바는 결국 카이바 1세와의 듀얼을 이기고 유희와 함께 가까스로 탈출한다. 그런데 마지막으로 노아가 향한 곳은...

마침내 배틀십이 배틀 시티의 듀얼 킹을 가리는 결전의 무대 알카트라즈 섬에 도착한다. 그리고 듀얼 타워에서는 준결승 대전 상대를 결정짓기 위한 배틀 로열이 곧바로 시작된다. 유희, 조이, 카이바, 마리크는 저마다 누구와 싸워야 할지 고민하는데...

배틀 시티 준결승 상대를 가리는 유희, 조이, 카이바, 마리크의 배틀 로열은 계속된다. 누구를 밀어내고 누구와 준결승에서 맞붙을지 저마다의 생각이 얽히는 가운데, 준결승에서 조이와 맞붙기를 바라는 유희는 카이바의 공격으로부터 조이를 구한다. 반면 마리크는 준결승에서 유희와 싸우기 위해 나머지 2명을 떨어뜨리려 하는데...

준결승 대전 상대를 결정 짓는 배틀 로열에서 마리크를 쓰러뜨리고 한시 빨리 메이를 구하고 싶은 조이는 공격 대상을 마리크로 정한다. 하지만 조이를 먼저 정리하려는 카이바가 조이를 공격하면서 조이는 몬스터가 모두 사라지고 만다. 준결승에서 조이와 싸우려는 유희는 압도적으로 불리한 조이를 겨냥하지 않으려 한다. 그런데 그때

듀얼 타워 정상에서 준결승 1회전 조이와 마리크의 대결이 펼쳐진다. 마리크는 게임이 시작되자 플레이어가 몬스터의 대미지를 직접 느낄 수 있는 어둠의 게임으로 이끌어 간다. 조이는 몬스터에 장착된 플라즈마 일의 전기 충격을 받으며 전에 마리크에게 고통받았던 메이를 떠올린다.

지옥의 시인 헬 포에머는 매 턴마다 조이의 패에서 카드를 빼앗아 간다. 조이는 궁지에 몰리지만 헬 포에머의 특성을 역이용해 퀴즈로 사이코쇼커를 소환하며 함정 카드를 파괴한다. 그런데 마리크가 조이를 라바 골렘의 철창에 가두면서 또다시 위기에 빠지고 만다.

라바 골렘에 갇힌 조이는 매 턴마다 라이프 포인트가 1000점씩 깎여 나간다. 위기에 빠진 조이가 덱에서 뽑은 카드는 별 8개짜리 길포드 더 라이트닝. 하지만 길포드 더 라이트닝을 소환하려면 제물 셋이 필요한데, 패에 남은 카드는 천사의 주사위 1장뿐이다. 이때 조이는 역전을 노릴 수 있는 방법을 떠올린다.

마리크는 신의 카드 '라의 익신룡'이 가진 세 번째 능력을 이용해 조이와 '길포드 더 라이트닝'을 불태운다. 하지만 조이는 강한 정신력으로 어마어마한 충격을 견뎌냈고, 이제 소환한 기어프리드로 공격만 하면 마리크를 이길 수 있다. 그런데 그 순간 조이가 쓰러지고 만다.

천공 콜로세움에서 준결승 2회전, 유희와 카이바의 대결이 펼쳐진다. 카이바는 오벨리스크를 소환해 순식간에 듀얼을 끝내려 하지만, 유희는 빛의 봉쇄검으로 그걸 막아낸다. 카이바가 천성의 복종으로 유희에서 오시리스를 빼앗지만, 유희가 익스체인지를 통해 다시 오시리스를 되찾아오면서 두 신을 둘러싼 치열한 공방전이 계속된다.

카이바는 공격력 2800인 강력한 몬스터 XYZ 드래곤 캐논을 소환한다. 유희는 이에 맞설 몬스터가 없는 데다 카이바의 오벨리스크 봉인도 다음 턴에서 풀린다. 이때 유희가 리버스 카드를 통해 킹스 나이트, 퀸즈 나이트, 잭스 나이트, 세 기사를 소환하는 데 성공하면서 제물로 바칠 몬스터 셋이 필드에 모인다.

유희에 이어 카이바도 신의 카드를 소환하면서 오시리스의 천공룡과 오벨리스크 거신병, 신과 신의 일대일 대결이 펼쳐진다. 두 신은 팽팽하게 맞서며 호시탐탐 공격할 기회를 노린다. 그리고 패의 매수에 따라 결정되는 오시리스의 공격력이 6000이 된 순간, 유희는 오벨리스크를 공격하는데...

4000 대 4000, 똑같은 공격력으로 두 신이 맞붙는 순간, 유희와 카이바는 고대 이집트의 한 장면을 보게 된다. 그건 흰 용을 소환하는 젊은 신관과 검은 마술사를 다루는 이름 없는 파라오의 결투였다. 유희는 그 장면이 자신이 잃어버린 과거의 한 조각이라고 확신한다.

카이바가 푸른 눈의 백룡 3마리를 소환하면서 절체절명의 위기에 빠진 유희. 그런데 그 순간 귓가에 조이의 목소리가 들려 온다. 이에 힘을 얻은 유희는 조이에게 받은 붉은 눈의 흑룡으로 푸른 눈의 백룡 한 마리를 격파하는 데 성공한다.

마침내 카이바는 궁극의 푸른 눈의 백룡을 소환한다. 유희는 증오와 분노가 힘의 원동력이라는 카이바에게 진정한 승리란 증오 분노로 얻을 수 없다는 걸 보여 주기 위해 끝까지 포기하지 않고 싸워 나간다.

유희와 카이바의 대결은 유희의 승리로 막을 내리고 패배한 카이바는 충격에 빠진다. 유희는 우정의 힘 때문에 자신이 이긴 거라고 말하지만 카이바는 우정 따윈 필요 없다며 자리를 떠나려 한다. 그때 조이가 카이바를 멈춰 세우고 3위 결정전을 제안하는데...

조이는 카이바를 상대로 성장한 모습을 보이며, 막상막하의 대결을 펼쳐 나간다. 하지만 카이바가 낸 블레이드 나이트에게 공격당하며 전세는 곧바로 뒤집힌다. 조이도 반격하려고 하지만 카이바의 압도적인 힘을 감당할 수 없는데...

카이바는 죽은 자의 소생을 통해 소멸했던 초강력 몬스터 푸른 눈의 백룡을 부활시키며 승리에 더욱 가까이 간다. 하지만 조이도 시간의 마술사를 내세워 끈질기게 반격하는데...

카이바는 유희가 마리크를 이길 확률이 희박하다고 여기며, 마리크의 라 카드에 맞설 수 있는 유일한 카드, 데블의 성역을 유희에게 건넨다. 그러자 유희는 아무 의심 없이 그 카드를 덱에 넣는다. 그리고 마침내 배틀 시티 토너먼트 결승전, 유희와 마리크의 대결이 시작된다. 마리크는 전에 없던 무시무시한 규칙을 내세우며 어둠의

유희는 오시리스의 천공룡을 소환해 우위를 선점하는 듯하지만, 마리크가 라의 세 번째 능력, 신의 불사조를 소환하면서 전세가 뒤바뀐다. 유희는 오시리스로 라를 공격하지만 불사의 힘을 가진 라에게 통하지 않는다. 게다가 신의 불사조에게 오시리스가 격파당하면서 유희는 점점 더 궁지에 몰리는데...

유희는 신의 카드 오벨리스크의 거신병으로 마리크를 공격해 마리크의 라이프 포인트를 크게 줄이는 데 성공한다. 하지만 마리크가 함정을 발동해 함정 몬스터 메탈 리플렉트 슬라임을 필드에 내놓으면서 유희가 공격할 수 없는 철벽을 구축한다.

유희는 막강한 수비력과 재생 능력을 가진 몬스터 갓 슬라임 앞에서 속수무책이다. 게다가 마리크는 죽은 자의 소생 카드를 손에 넣고 신의 불사조를 소환해 유희의 오벨리스크의 거신병을 꺾으려 한다. 하지만 마리크가 공격하는 순간, 유희 역시 죽은 자의 소생을 발동해 오시리스의 천공룡을 방패로 삼으며 오벨리스크를 지켜내는 데

유희와 마리크의 결승전이 막바지에 다다른다. 유희는 마리크의 라이프 포인트를 1점으로 만들 수 있는 공격 기회를 맞이하지만 제물이 된 마리크의 주 인격이 버티지 못하고 죽을지도 모른다는 생각에 공격을 망설인다. 그런데 그 순간 그곳에 리시드가 나타난다.

배틀 시티 대회는 유희의 우승으로 막을 내린다. 그런데 카이바가 1시간 뒤에 결승전 무대가 됐던 듀얼 타워를 폭파시키겠다고 선언한 뒤 갑자기 사라진다. 배틀십으로 탈출하려 했던 유희와 친구들은 카이바를 찾아 나선다. 그 무렵 카이바는 듀얼 타워 지하 제어실에서 카이바 1세와 나눴던 대화를 떠올리며 앞으로 자신의 나아갈 길

수진이와 조앤은 배틀 시티 대회의 무대가 됐던 도미노 시티를 돌아다니며 지금까지 치러진 듀얼, 그리고 그 안에서 벌어졌던 사건과 기억을 되짚어 본다. 수진이는 또 하나의 유희가 신의 카드 3장을 손에 넣었기 때문에 잃어버린 기억의 봉인을 풀고 자신 앞에서 사라질 거라는 걸 직감하고 이별을 각오한다.

배틀시티에서 우승한 유희는 잃어버린 기억이 봉인된 석판이 있는 도미노 미술관으로 향한다. 석판에 신의 카드 3장을 올려놓자 천년 퍼즐이 빛나며 봉인이 풀리는 듯한다. 그런데 그 순간 갑자기 알 수 없는 힘이 방해하듯 석판이 얼어붙고, 그와 동시에 듀얼 몬스터즈가 실체화하면서 전 세계는 혼란에 빠진다.

신의 카드를 훔친 일당 중 1명인 그리모와 유희의 듀얼이 계속된다. 그리모가 펼친 오리컬코스의 결계 속에서는 천년 아이템의 힘이 통하지 않기 때문에 유희는 힘겨운 싸움을 이어간다. 게다가 그리모는 선택받은 자만이 쓸 수 있는 신의 카드를 다루며 다크 오벨리스크를 소환하는데...

유희는 그리모를 이기지만 결국 도마 삼총사에게 빼앗긴 신의 카드 3장은 돌려받지 못한다. 한편 레베카와 그의 할아버지 홉킨스 교수가 유희를 찾아온다. 고대 이집트 문명을 연구하는 홉킨스 교수는 최근 해저 조사에서 발견된 1만 년 전 유적에서 나온 벽화를 보여 주며 그 벽화가 세계의 멸망을 그리고 있다고 설명한다.

미국에 있는 페가수스가 유희에게 영상 편지를 보낸다. 페가수스는 듀얼 몬스터즈가 실체화돼서 세계를 혼란에 빠뜨리고 있는 현재 상황에 관해 유희에게 할 말이 있다면서 유희를 미국으로 초대한다. 적에 관해 아무런 단서도 찾지 못한 유희는 페가수스를 만나기로 결심하고 조이, 수진, 우혁과 함께 미국으로 출발한다.

진실을 알고 싶다면 자신을 이기라는 페가수스. 이에 페가수스와 카이바의 듀얼이 시작된다. 페가수스는 지난번 대결과 마찬가지로 툰 앨리게이터로 시작하는 심리 작전을 펼치지만 카이바는 전혀 흔들리지 않는데...

카이바는 자신과 싸우는 상대가 페가수스가 아니라는 걸 눈치채고 정체를 밝히라고 추궁한다. 그러자 도마 삼총사 중 한 명인 아메르다가 정체를 드러낸다. 아메르다의 목적은 동생을 죽인 카이바 코퍼레이션에 복수하려는 것이었다.

도마의 부하들이 오토바이를 타고 유희 일행을 공격한 순간, 한 여자가 그들을 구해주고 유유히 사라진다. 해피 레이디 카드를 다루는 걸 본 조이는 그녀가 메이이며 자신들과 같은 편일 거라고 생각한다. 그런데 인더스트리얼 일루전사로 향한 유희 일행은 그곳에서 메이와 맞닥뜨린다.

메이는 도마 삼총사에게 조종당하는 것이 아니라, 자신의 의지로 오리컬코스의 힘을 얻고 있었다. 오리컬코스의 결계 안에서 대치하는 메이와 조이. 하지만 메이와의 우정을 믿으며 메이를 구하고자 하는 조이는 듀얼에 집중할 수가 없는데...

조이와 메이의 듀엘이 계속되는 가운데 라이프 포인트는 메이가 4000, 조이가 200으로 크게 격차가 벌어진다. 메이는 이 듀얼의 승리에 집착하지만, 조이는 오직 메이를 구하고 싶은 마음뿐이다. 잠시 서렌더를 생각했던 조이는 듀얼로 메이를 구할 수 있는 가능성을 믿고 끝까지 포기하지 않기로 결심한다.

벼랑 끝에 몰린 조이는 '헤르모스의 발톱'을 손에 넣지만 그 사용법을 알지 못한다. 시간의 마술사과 융합해서 나타난 타임 매직 해머를 기가 사이버에 장착해 공격해 봐도, 의미를 알 수 없는 숫자만 나타났다가 사라질 뿐이다. 조이에게 과연 기적은 일어날 것인가.

유희 일행은 도마에 관해 알아내기 위해 홉킨스 교수를 만나러 간다. 그런데 홉킨스는 해저 유적 조사를 하던 중 누군가에게 납치되고 만다. 홉킨스가 납치되는 걸 목격한 레베카는 현장에서 유희에게 전하는 메시지를 줍는데...

유희와 라펠의 듀얼이 시작되자, 라펠은 영속 마법을 써서 자신의 패를 0으로 만든다. 이에 유희는 곧바로 공격하지만, '중력의 도끼'가 인도하는 몬스터 '가디언 그랄'에게 카운터 공격을 받으며 라이프 포인트가 3000으로 떨어진다. 여객선 침몰 사고의 유일한 생존자인 라펠은 자신과 유희 모두 운명에 농락당했다고 여기며 유

라이프 포인트는 라펠이 4000, 유희가 3000으로 유희가 뒤지고 있다. 유희는 가디언 그랄의 공격을 크리보 5형제의 특수 능력으로 막아내고 티마이오스의 눈과 블랙 매지션 걸을 합체해 용기사 블랙 매지션 걸을 출현시킨다. 유희는 반격에 성공할 수 있을 것인가...?

궁지에 몰린 유희는 마침내 오리컬코스의 결계를 발동한다. 그러자 이름 없는 용은 그 힘에 반발하며 봉인되고 만다. 승리에 대한 집착 때문에 어둠의 힘에 사로잡힌 유희는 차례차례 몬스터들을 제물로 바치고 결국 블랙 마술사 걸까지도 희생시키는데...

라펠과의 듀얼에서 지고 또 다른 인격을 빼앗긴 유희는 깊은 실의에 빠진다. 한편 강한 힘에 목말라 하던 사마준과 다이나소 용만은 라펠이 탄 헬기를 쫓아가 동료로 받아 달라며 애원한다. 마침내 도마의 힘을 얻은 사무존과 다이나소 용만은 유희와 조이를 노리는데...

해저 유적의 비밀을 파헤치기 위해 플로리다로 향하는 유희와 조이, 수진, 우혁. 그런데 다른 승객들이 사라진 걸 깨닫고 기차를 살피던 순간 기차가 분리되면서 유희와 수진, 조이와 우혁은 따로 떨어지고 만다. 그리고 유희 앞에는 사마준이, 조이 앞에는 다이나소 용만이 나타나 듀얼을 신청한다.

달리는 기차 위에서 듀얼하는 유희와 사마준. 사마준은 상대 몬스터에 기생해서 부화하는 패러사이트 캐터필러를 유희 몬스터에 기생시킨다. 그 무렵, 황야에서는 조이와 다이나소 용만이 대결을 펼친다. 조이는 용만과 싸워야 할 이유를 찾지 못하지만, 점차 용만이 잘못된 생각을 품고 있다는 걸 일깨워 주겠다는 의지가 생긴다.

용만은 한번 쓰러뜨렸던 붉은 눈의 흑룡을 명계의 사슬로 다시 필드에 불러들여 공격하려 한다. 그 순간 조이는 네이키드 기어프리드를 소환해 헤르모스의 발톱을 발동하고 단숨에 용만을 물리친다. 그 무렵, 유희도 덱에서 키 카드인 티마이오스의 눈을 뽑지만 증오로 가득찬 유희에게서는 발동하지 않는다.

유희를 구해 준 의문의 노인 아이언하트는 자신의 마음을 비춘다는 돌의 황야로 유희를 데려간다. 유희 앞에 수많은 사람들의 이미지가 나타났다가 사라지더나 마지막에는 파트너인 유희가 나타나 어둠의 유희에게 듀얼을 신청하는데...

갑자기 돌의 황야에 음산한 기운이 돌더니 오리컬코스 솔저가 나타나 유희를 공격한다. 오리컬코스 솔저는 고대 아틀란티스의 병사로 다츠가 그 영혼을 불러들여 조종하는 것이었다. 유희는 쓰러뜨려도 다시 살아나는 오리컬코스 기가스에게 속수무책으로 당하는데...

바론은 메이에게 항상 승리에 굶주려 있는 게 두 사람의 공통점이라고 말하며 그 굶주림을 자신이 채워 주겠다고 말한다. 그런데 그때 듀크와 레베카가 그곳을 지나가게 되고, 레베카는 영혼을 빼앗긴 유희의 복수를 하겠다며 바론에게 듀얼을 신청한다.

카이바와 모크바가 탄 전용기를 납치한 아메르다는 동생의 복수를 하기 위해 카이바에게 듀얼을 다시 요구하고, 카이바 역시 그 도전을 받아들인다. 그런데 오리컬코스의 결계가 발동하자, 비행기 객실 벽이 날아가고 자동 조종 장치가 제 기능을 못 하면서 비행기는 추락 위기에 놓인다.

카이바 코퍼레이션때문에 동생이 죽었다고 생각하는 아메르다는 전쟁의 환영으로 카이바를 동요시키며 아머 덱으로 공격한다. 죽은 동생을 생각하는 아메르다와 모크바를 지켜 내려는 카이바는 추락 위기에 놓인 비행기에서 격전을 펼친다.

카이바 코퍼레이션이 도마의 손에 넘어가고, 다츠의 주문으로 세계 각지에 오리컬코스의 결계와 오리컬코스 솔저가 출현한다. 이렇게 도마는 전 세계를 장악해 간다. 유희와 카이바는 플로리다 박물관에 남아 있던 자료를 가까스로 입수하고, 그 자료를 분석하기 위해 도마가 점거한 카이바 코퍼레이션의 미국 지사로 향한다.

메이 때문에 조이와 듀얼을 시작하는 바론. 바론의 아머 덱은 수비 몬스터와 리버스 카드 없이 플레이어가 자신의 몸에 기어 헤드를 장착하고 오직 공격으로 밀어붙이는 대담한 전술의 덱이다. 처음 보는 전술에 압도된 조이는 직접 공격을 당하고 큰 타격을 입는다.

바론은 조이를 향해 아머 몬스터로 맹공을 퍼부으며 조이가 가진 전력으로 덤비라고 도발한다. 조이는 사이코 쇼커 급의 강력한 몬스터를 소환하지만, 바론은 오리컬코스의 결계를 발동하며 또다시 우위에 선다.

조이는 헤르모스의 발톱을 몬스터와 융합시켜 바론을 공격한다. 헤르모스의 일격은 액티브 가드에 막히지만 바론의 아머를 날려 버리는 데는 성공한다. 이에 바론은 상대 몬스터를 복제해 반격한다. 끝까지 포기하지 않고 최선을 다해 싸우는 조이를 보며 바론은 오히려 기뻐하는데...

격렬한 싸움으로 조이와 바론은 모두 만신창이가 되지만 서로를 인정하며 열정을 불태운다. 결국 근소한 차이로 조이가 승리하고, 바론은 조이에게 메이를 부탁한다는 말을 남기고 오리컬코스에 영혼을 빼앗긴다.

오리컬코스의 힘을 얻은 메이의 해피 콤보는 여전히 강하다. 도마의 어둠에 물든 메이를 되돌리려는 조이는 필사적으로 자신의 마음을 전하며 듀얼에 임하는데, 조금씩 조금씩 메이의 마음이 열리기 시작한다.

조이가 영혼을 빼앗겼다는 사실을 알게 된 유희는 파라디우스 본사로 쳐들어갔다가 그곳에 쓰러져 있는 메이를 발견한다. 그런데 그 순간 라펠이 나타나 조이가 갖고 있던 헤르모스 발톱을 건넨다. 거부할 수 없는 운명에 따라 자신이 이길 거라는 라펠과 친구를 구하기 위해서라도 운명에 맞서겠다는 유희, 두 사람의 듀얼이 다시 시작

오리컬코스의 결계를 발동시킨 라펠은 가디언 몬스터를 효율적으로 쓰면서 유희의 라이프 포인트를 500까지 낮춘다. 또한 라펠에게는 생명의 은인이라 할 수 있는 가디언 에아토스조차 추악하게 변형시키고, 유희의 묘지에 있는 몬스터를 흡수하며 더욱더 공격력을 높인다. 하지만 유희는 마음속 어둠으로 인한 라펠의 약점을 간파한다.

유희는 마음을 어둠으로 물들이고 몬스터를 사악하게 만든 라펠에 맞서 묘지에 있는 몬스터를 소환할 수 있는 '황천천륜'을 발동시킨다. 그러자 갑자기 눈앞의 풍경이 라펠이 어릴 때 슬픔을 이겨내기 위해 다츠를 따르게 되는 장면으로 바뀐다. 그걸 보고 유희는 운명에 집착하는 라펠을 구하고 싶다고 생각한다.

라펠에게 받은 지도를 따라 유희와 카이바는 다츠가 있는 암흑 신전에 도착한다. 영혼의 석실에는 그동안 영혼을 빼앗긴 친구들과 수많은 사람들의 석판이 걸려 있다. 이윽고 다츠가 나타나고 유희와 카이바는 다츠와 듀얼을 시작한다.

유희와 카이바의 공격, 그리고 다츠의 오리컬코스 큐토라가 충돌하면서 세 사람은 다른 세계로 이동한다. 그곳에서 다츠는 자신이 고대 아틀란티스 왕국의 왕이었는데, 오리컬코스의 에너지로 문명을 발전시킨 사람들이 자연에 대한 은혜를 잊고 오만해지면서 몬스터로 변하는 이변이 일어나자, 새로운 세계를 만들기 위해 듀얼 몬스터즈 세

다츠의 필드에 출현한 4명의 거울의 기사에는 또 다른 유희, 조이, 메이, 페가수스의 영혼이 깃들어 있다. 공격을 망설이는 유희와 달리 주저 없이 공격하는 카이바. 하지만 거울의 기사들은 우정으로 서로를 감싸 주며 다츠의 포진을 더욱 탄탄하게 만드는데...

다츠는 오리컬코스 트리토스로 세 번째 결계를 출현시키며, 라이프 회복과 더불어 몬스터에 대한 마법과 함정을 무효화시킨다. 카이바가 거울의 힘 드래곤을 탄생시켜 거울의 기사를 파괴하지만, 다츠는 지금까지 흡수한 대미지를 공격력으로 전환해 공격력이 20000에 달하는 오리컬코스 슈노로스를 소환한다.

라이프 포인트가 0이 된 카이바뿐 아니라 수진이와 우혁, 모크바까지 영혼을 빼앗기고 유희 혼자 남겨진다. 세계를 멸망시키는 원인이 유희라는 다츠의 말에 정신적으로 약해진 유희는 모든 걸 포기하고 서렌더를 선택하려 하는데...

다츠가 파괴된 오리컬코스의 결계에서 사신 게를 출현시키자, 유희는 전설의 세 기사로 다츠를 무찌른다. 그 순간 거대한 이무기가 나타나고, 아틀란티스가 바다 위로 떠오른다.

유희, 카이바, 조이 세 사람은 바다 위로 떠오른 아틀란티스에서 거대한 이무기와 싸운다. 다츠는 그 이무기가 바로 인간의 마음속 어둠으로 만들어진 오리컬코스의 신이며, 신을 쓰러뜨리는 건 불가능하다고 말하는데...

유희는 삼환신의 힘으로 오리컬코스의 신을 물리치고, 붙잡혔던 사람들을 구해낸다. 하지만 다츠는 지구상에 있는 모든 마음속 어둠을 모아 유희를 집어삼키려 하는데...

'다음날 개장하기로 한 카이바 랜드에 도착한 유희 일행은 듀얼 컴퓨터가 있는 돔에 들어갔다가 그 안에 갇히고 만다. 그곳을 빠져나가기 위해선 레벨이 최대로 설정돼 있고 드래곤만 잔뜩 있는 덱으로 싸워야 하는데...

유희는 불균형한 덱으로 최상급 레벨의 컴퓨터와 싸우며 고전한다. 하지만 유희는 소년이 드래곤 카드와 덱에 담은 뜨거운 마음을 끝까지 믿었고 마침내 자신이 소년에게 건넸던 키 카드를 뽑는다. 그 카드는 바로 범골의 의지였다.

미국 카이바 랜드 스타디움에서 KC 그랑프리 개회식이 열린다. 출전자는 모두 16명이며 유희는 디펜딩 챔피언으로서 그 승자와 대전하는 방식이다. 개회식을 마친 뒤 곧바로 1회전이 시작되는데 조이는 1회전에서 의문의 마스크 더 락과 대전이 결정된다.

조이의 전략을 꿰뚫고 있는 마스크 더 락은 조이를 궁지로 몰아넣고, 필드 마법 고대의 도시를 발동해 고대의 문, 고대의 거인 고대의 서적을 모아 에인셴트 드래곤을 소환한다. 그건 그가 오랜 세월 끝에 겨우 손에 넣은 환상의 카드였다. 그 누구보다 듀얼을 즐기는 마스크 더 락과는 달리 조이는 초조해 하며 승부에만 집착하는데

제2시합이 시작되고, 미국 챔피언 레베카는 아시아의 강자이자 미녀 듀얼리스트인 비비안과 맞붙는다. 레베카는 자꾸만 유희에게 관심을 드러내는 비비안이 못 마땅하다. 한편 사마준과 다이나소 용만은 초대된 참가자로 위장해 베일에 싸인 지크와 대전한다.

KC 그랑프리 8강에서 조이는 사마준과 다이나소 용만을 한 턴 만에 쓰러뜨린 지크 로이드와 맞붙는다. 조이는 자신을 무시하는 지크의 거만한 태도에 대결 전부터 승부욕에 불탄다. 한편, 카이바 랜드의 어트랙션에서는 누군가가 시스템에 침입하면서 소동이 벌어지는데...

지크는 마법 카드 왈큐레엔 리트를 발동해 여전사 넷을 소환하다. 또한 과거, 현재, 미래를 관장하는 여신 세 자매를 소환하면서 조이의 덱에 있는 몬스터 카드를 차례차례 게임에서 제외해 나간다. 몬스터 카드를 소환할 수 없는 조이는 위기에 몰린다. 한편, 카이바는 컴퓨터를 해킹한 범인으로 지크를 의심하기 시작한다.

KC 그랑프리 준결승이 시작되고 미니어처 랜드를 무대로 레베카와 레온의 듀얼이 펼쳐진다. 레온은 처음부터 묘지로 보내서 효과를 발휘하는 레베카의 콤보 작전을 막으면서 레베카의 라이프 포인트를 빼앗는다. 레베카는 레온의 치밀한 작전과 처음 보는 카드들을 보며 레온이 강하다는 걸 직감한다.

레베카는 레온의 신데렐라 콤보의 직접 공격을 가까스로 막아 내지만, 글로버맨의 공격을 받아 LP가 100이 된다. 레베카는 순진무구해 보이는 레온이 생각보다 훨씬 더 걸 실감한다. 한편, 유희와 친구들은 중화반점에서 할아버지를 찾아내지만 비비안이 할아버지를 빌미로 유희에게 듀얼을 강요한다.

KC 그랑프리 결승전은 레온과 지크가 대결할 예정이었지만 갑자기 카이바가 나타나 결승전을 중단시킨다. 카이바 코퍼레이션의 라이벌 회사인 슈뢰더사의 후계자란 사실을 속이고 대회에 참가했다는 이유로 지크를 실격 처리한 카이바는 자신이 직접 나서서 지크와 듀얼하겠다고 선언한다.

지크는 니벨룽의 반지 효과로 카이바의 필드에 있는 몬스터의 움직임을 봉쇄하고, 덱에 있던 몬스터도 묘지로 보낸다. 또한 운명을 관장하는 여신 세 자매 콤보로 푸른 눈의 백룡까지 묘지로 보내 버린다. 그리고 지크는 왜 자신이 카이바에게 원한을 품었는지 그 이유를 이야기하기 시작한다.

KC 그랑프리 우승자 레온과 디펜딩 챔피언인 유희의 마지막 듀얼이 시작된다. 유희를 동경하며 유희와 듀얼하는 날만을 꿈꿔 왔던 레온은 평소에 듀얼을 즐기던 모습과는 사뭇 다르게 굳은 표정으로 듀얼에 임한다. 그리고 그 자리에 지크가 나타나서 놀라운 사실을 밝히는데...

레온은 유희를 존경하지만 형 지크와 슈뢰더가의 부흥을 위해 싸운다. 그리고 지크가 건네준 레어카드 슈트롬베르크의 황금성을 발동시키며 다양한 카드를 차례로 소환한다. 그런데 지크는 카아바 코퍼레이션의 컴퓨터에 침입해 이 카드의 텍스트를 미리 조작해 두었다. 지크의 목적은 과연...

슈트롬베르크의 황금성을 조작한 지크의 목적은 바이러스로 카이바 코퍼레이션의 시스템을 파괴하는 것이었다. 무적의 황금성에 고전하는 유희. 유희는 로얄 스트레이트 스래셔의 특수 효과로 레벨 1부터 5까지 카드 5장을 버리고 성을 파괴하려 하지만 그마저 실패로 끝나는데...

유희는 할아버지에게 이집트 왕가의 계곡에 있는 왕의 무덤에서 천년 퍼즐을 손에 넣었을 때 얘기를 묻는다. 또 하나의 유희가 기억을 찾을 수 있도록 이집트에 가기로 결심했기 때문. 그런데 이집트로 떠나기 전날 밤, 신의 카드 3장과 천년 아이템은 도둑맞고 만다.

어둠의 인격 바크라는 유희에게 명계의 문을 열면 또 하나의 유희의 영혼을 되찾을 수 있다는 말을 남기고 사라진다. 그 후 카이바를 찾아간 바크라는 카이바에게 어둠의 듀얼을 신청한다. 바크라의 목적은 신의 카드에 맞설 수 있는 유일한 카드, 푸른 눈의 백룡인데…

또 다른 유희는 이집트 피라미드에서 석판에 신의 카드 1장을 올려놓고 기억의 세계로 떠난다. 의식을 되찾은 그는 고대 이집트의 파라오가 돼 있었고 주변에는 유별난, 카이바, 이시즈를 닮은 신관들이 있었다. 한편, 바크라 역시 고대 이집트에서 도적왕으로 의식을 되찾는다.

파라오가 된 유희 앞에 도적 바크라가 나타나 천년 아이템을 빼앗으려 한다. 신관들은 바크라의 디아바운드를 석판에 봉인하려 하지만, 바크라의 힘이 너무 강한 나머지 실패하고 만다. 한편, 유희와 친구들은 진실의 문을 찾기 위해 천년 퍼즐의 마음속 미궁으로 들어간다.

파라오와 바크라의 싸움은 디어바운드가 푸른 눈의 백룡의 공격 기술을 복제해 반격하면서 무승부로 끝난다. 자취를 감춘 바크라가 다시 왕묘를 공격해 올 거라고 여긴 신관 마하드는 파라오에 대한 강한 충성심으로 혼자 바크라를 쓰러뜨리려 하는데…

마하드는 마술사 수련장에서 바크라와 결투를 벌인다. 마하드는 환상의 마술사와 섀도우 구울을 소환해 디어바운드를 공격하지만, 오히려 특수 능력을 빼앗기고 만다. 벼랑 끝에 몰린 마하드는 파라오를 향한 충성심으로 어떤 결심을 한다. 한편, 마음속 미궁에서 헤매던 유희는 문 너머에서 거대한 괴물을 보게 되는데...

마음속 미궁에서 헤매던 유희와 친구들은 마침내 파라오의 기억 속 세계인 고대 이집트로 향한다. 그런데 이들은 이 세계에 사람들 눈에 보이지 않고 물건도 만질 수 없다. 한편, 신관 세토는 천년 열쇠로 백성들의 마음속을 꿰뚫어 보면서 강력한 카를 가진 인간을 잡아들이는 '카 사냥'을 시작한다.

오래 전 신관 아크나딘은 쿠르에르나 마을 사람들을 제물로 삼고 어둠의 연금술을 이용해 7개의 천년 아이템을 탄생시켰는데, 이때 아들 세토와의 인연도 끊는다. 그로부터 15년 뒤, 쿠르에르나 마을의 생존자인 도적 바크라가 아크나딘을 습격하는데...

파라오와 바크라의 결투가 계속되는 가운데 듀오스를 앞세운 세토와 신관들이 파라오와 합류하지만 아크나딘의 저주의 힘으로 오시리스는 소멸하고 만다. 파라오는 위기에 빠지지만 유희와 친구들에게 우정의 힘을 얻어 라의 익신룡을 소환해 바크라를 쓰러뜨린다. 그런데 그 순간 시간이 다시 되돌아가는데...

아크나딘은 키사라에게서 카를 뽑아내기 위해 죄수들로 하여금 키사라를 공격하게 하지만 키사라는 아무런 저항도 하지 않는다. 결국 세토가 나서서 키사라를 구하려 하지만 , 오히려 죄수들의 공격을 받아 위기에 빠지고 만다. 그런데 그때 키사라의 몸에서 빛이 뿜어져 나오더니 푸른 눈의 백룡이 나타나는데...

바크라가 있는 곳을 알게 된 파라오는 샤다, 마나와 함께 쿠르에르나 마을로 향한다. 그곳은 과거에 아크나딘이 천년 아이템을 만들기 위해 마을 사람들과 병사들을 제물로 바쳤던 저주받은 마을이다. 샤다와 마나가 공격해 오는 해골 병사들과 싸우는 동안 파라오는 지하 신전으로 들어가 바쿠라를 만나는데...

파라오가 디아바운드에 맞서 싸우는 동안 신관단도 가세한다. 하지만 쿠르에르나의 지하 신전은 선왕 아크남카논을 증오하는 사령들이 모여 있기 때문에 바크라에게 훨씬 더 유리하다. 한편, 유희와 친구들은 어둠의 게임에서 파라오의 이름을 알아내는 게 중요하다는 사실을 깨닫는다.

바크라는 지하 신전의 결투에서 패하고 모래가 되어 사라진다. 그런데 그 순간, 시간이 멈추고 파라오와 신관들은 움직일 수 없게 된다. 그리고 또 하나의 유희는 게임판을 사이에 두고 앉아 있는 바크라 앞에서 눈을 뜬다. 그건 바로 파라오로 살아 있던 3천 년 전 이집트를 재현한 어둠의 RPG였다.

어둠의 대신관이 공격하는 순간, 핫산이 등장해 파라오를 보호한다. 핫산은 역대 파라오의 수호신이었다. 어둠의 대신관이 된 아크나딘은 세토가 자신의 아들이자 왕가의 혈통이며, 흰 용의 힘을 얻으면 파라오가 될 수 있다면서 세토에게 새로운 파라오가 되라고 부추긴다.

도적왕 바쿠라와 디어바운드가 부활해 파라오와 신관들을 공격하자, 모두 뿔뿔이 흩어지고 만다. 신관 카림은 공격해 오는 카를 상대로 힘겨운 싸움을 벌이는데, 결국 영혼의 바가 극도로 줄어든다. 파라오를 걱정하는 카림은 마지막 남은 힘을 신관 샤다에게 맡긴다.

아크나딘은 세토에게 키사라를 죽이고 흰 룡의 힘을 얻어 왕이 되라고 말한다. 세토가 이를 거부하자 아크나딘은 세토를 공격하고, 키사라는 세토를 지키려다 숨을 거둔다. 아크나딘은 그 순간을 노려 세토의 마음을 조종하는데...

왕묘에서 유희와 바크라가 듀얼을 펼친다. 유희가 처음으로 어둠의 유희를 위해 싸우는 대결에서 자신에게 주어진 덱은 이전과는 완전히 다른 새로운 덱이다. 한편, 쿠르에르나 마을에서는 대사신 조크가 부활하면서 신관단을 맹렬하게 공격하는데...

유희는 블로켄, 렌가드 등 수치가 높지 않은 몬스터로 싸우지만, 특수 효과를 통해 큰 대미지는 피하고 있다. 그런데 바크라가 저주의 네크로 트윈스로 자신의 묘지를 소멸시키고 몬스터들을 유령처럼 떠돌게 한다. 한편, 신관단은 천년 아이템을 되찾고, 시몬이 천년 열쇠를 통해 엑소디아를 소환하면서 조크와 격투를 벌인다.

바크라와의 대결에서 수세에 몰린 유희는 덱에 단 한 장의 카드만을 남겨 놓고 있다. 한편, 파라오는 마나에게서 받은 천년 퍼즐로 삼환신을 소환해 조크에 맞선다. 신들의 공격을 받아 조크는 쓰러지는 듯하지만...

유희는 마지막 드로우에서 모든 몬스터를 파괴하는 강력한 특수 마법을 가진 파괴룡 간드라를 소환한다. 한편, 조크 앞에서는 파라오의 신마저도 속수무책이다. 그러자 신관 세토가 흰 용을 소환해 반격에 나서지만, 결국 조크에게 패배하고 만다. 그 순간 카아바와 궁극의 푸른 눈의 백룡이 나타나는데...

파라오가 조크와 싸우는 동안 유희와 친구들이 달려와 블랙 매지션 등 등 몬스터를 소환해 파라오를 돕는다. 유희는 파라오에게 진짜 이름을 알려주려 하지만, 고대 문자를 읽을 수가 없다. 그때 수진이 파라오에게 건넸던 카르투슈를 떠올리는데...

긴 싸움을 끝내고 유희와 친구들, 그리고 아템이 현실 세계로 돌아온다. 아템은 오랜 세월 사념이 깃들었던 천년 아이템을 자신과 함께 봉인하려고 하는데, 그러려면 결투의 의식에서 누군가가 자신을 이겨야만 한다.

명계의 신전에서 아템이 천년 아이템을 석판에 끼우자, 아템과 유희 두 사람이 분리돼서 나타난다. 그리고 마침내 유희 대 아템, 각각의 운명을 결정짓는, 한 치의 양보도 없는 대결이 시작된다.

아템은 삼환신을 모두 소환하는데 그 공격력의 합은 1만이 넘는다. 이에 압도당한 유희는 두려움에 온몸을 떨지만 신의 특수 능력을 역이용한 전법으로 반격에 나선다.

유희가 함정 카드 '마그넷 포스'로 반격하면서 삼환신은 사라진다. 유희는 신의 가장 큰 약점이 그 힘 그 자체라고 말한다. 신이 사라진 뒤 유희와 아템은 재빨리 중급 몬스터를 소환하며 팽팽한 대결을 펼치는데...

유희는 '봉인의 황금궤'에 카드 1장을 봉인한다. 그리고 사일런트 매지션으로, 아템의 비장의 카드이자 최강의 심복 '블랙 매지션'을 쓰러뜨린다. 그러자 아템은 '죽은 자의 소생'으로 오시리스를 부활시키려 하는데...