침묵의 함대 시즌 1

가이에다 시로 함장을 포함, 승조원 76명이 승선한 일본 해상 자위대 잠수함이 미국의 핵잠수함과 충돌한다. 해상 자위대 디젤 잠수함 다쓰나미함의 함장 후카마치 히로시는 사고에 의문을 품고 충돌 당시 기록된 데이터를 분석한다.

가이에다가 탈취한 최첨단 핵잠수함 시배트함이 미국의 제7함대 앞에서 떠오르고, 시배트함을 테러 위협으로 간주한 제7함대는 시배트함을 침몰시키려고 한다. 한편 가이에다는 놀라운 선언을 한다.

가이에다의 충격 선언으로 작전이 중지된 상황에서 후카마치의 디젤 잠수함 다쓰나미함이 도착한다. 가이에다를 막기 위해 후카마치는 시배트함에 오른다.

가이에다는 마침내 미 해군과 전투를 시작한다. 미 해군 제7함대 소속의 핵잠수함 세 척이 포위망을 좁혀온다. 우나바라 와타루 관방장관은 베넷 미국 대통령과의 회담 장소로 향한다.

일본과 미국의 정상 회담이 개최되지만, 양국 모두 서로의 입장을 이해하려 하지 않는다. 한편 미 해군 제3함대는 시배트함 호위를 맡은, 누마타 사령관이 이끄는 제2호위대군에 대잠 미사일을 발사한다.

미 해군 제3함대와의 전투 끝에 가이에다는 일본과 동맹을 맺기 위해 도쿄만에 도착한다. 일본 정부는 국민에게 일급 기밀인 시배트 프로젝트로부터 시작된 일련의 사건을 털어놓는다.

가이에다가 회담에 참석한다. 일본과 야마토 독립국 사이의 동맹 협상이 전 세계에 알려진다. 회담이 끝나자마자 베넷 대통령은 야마토를 테러리스트 조직으로 규정하고 제거할 것을 지시한다.

야마토함을 싣고 있는 해상 자위대의 부선거, 서던 크로스가 미 해군의 공격으로 침몰하기 시작한다. 야마토함은 서던 크로스가 완전히 침몰하기 전에 탈출하려고 애쓴다. 야마토함을 호위하는 위험한 임무를 맡았던 다쓰나미함도 침몰하기 시작한다.